Dövlət Dəniz və Liman Agentliyi Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyevin “Dəniz nəqliyyatı sahəsində idarəetmənin təkmilləşdirilməsi ilə bağlı bəzi tədbirlər haqqında” 11 oktyabr 2021-ci il tarixli Fərmanına əsasən, Rəqəmsal İnkişaf və Nəqliyyat Nazirliyinin tabeliyində yaradılan publik hüquqi şəxsdir.
Agentlik Nəqliyyat, Rabitə və Yüksək Texnologiyalar Nazirliyi yanında Dövlət Dəniz Agentliyinin, habelə Dövlət Dəniz Agentliyinin tabeliyində olmuş Dəniz Üzgüçülüyünün Təhlükəsizliyi Mərkəzi, eləcə də Nəqliyyat və Texniki-Təminat İdarəsi publik hüquqi şəxslərin əsasında yaradılıb.
Azərbaycan Respublikasının ərazisində dəniz nəqliyyatı sahəsində dövlət siyasətinin formalaşmasında, həyata keçirilməsində və inkişafında iştirak edir, bu sahədə tənzimləməni və nəzarəti həyata keçirir;
Dəniz üzgüçülüyünün təhlükəsizliyi, dənizdə insan həyatının və sağlamlığının qorunması, dəniz ətraf mühitinin mühafizəsi, habelə dənizçilərin hazırlanması sahəsində tədbirlər görür;
Dəniz limanlarında fəaliyyətin dövlət tənzimlənməsində iştirak edir və dəniz üzgüçülüyünün təhlükəsizliyi ilə bağlı xidmətlər (naviqasiya və mayak, bələdçi, kanal, lövbər və gəmi yığımı) göstərir.